蚌山区有多所中小学校，主要有蚌埠第十五中学、蚌埠第二十六中学、蚌埠第三十二中学、蚌埠铁路中学、蚌埠市蚌山小学、蚌埠铁路第三小学、蚌埠市回民小学、蚌埠第一实验小学、蚌埠新城实验学校等。
2013年以来，蚌山区学校标准化建设扎实推进。通过实施校安工程建设、班班通工程、教学设备添置等项目，极大改善了学校办学条件。学前教育大力发展。加强幼儿看护点动态管理，为A、B类幼儿看护点统一挂牌。举行“蚌山区优质园与看护点结对帮扶启动仪式”，二所省级一类园分别扶帮4所幼儿看护点。推进新校建设优质资源进一步拓展。采取名校办分校的模式，打造蚌山小学南山郦都校区，建设一实小北校区。积极探索学校绿色发展督导评估机制。建立督学责任区制度，建立了五个督学责任区，聘请15名教育督学，实行督学挂牌公示。